Diagnosi di tumore grazie al microbiota? Non è ancora possibile

È possibile diagnosticare un tumore in base alla presenza di determinati microrganismi che lo popolano? L'idea, seppur intrigante e con un razionale scientifico, sembra essere arrivata ad un punto morto. A confermarlo è il recente ritiro di uno studio pubblicato nel 2020 dalla prestigiosa rivista Nature. L'analisi aveva posto le basi per provare a fare diagnosi precoce in campo oncologico analizzando le "firme molecolari" dei microrganismi ottenute grazie ad un semplice prelievo di sangue. Una prospettiva che oggi sembra ancora molto lontana.

MICRORGANISMI E SALUTE

Il microbiota umano è l'insieme di tutti quei microrganismi (batteri, funghi, protozoi e virus) che popolano il nostro corpo. La loro presenza è essenziale per molte ragioni come la sintesi di alcune molecole fondamentali (es: le vitamine del gruppo B) e la modulazione del sistema immunitario. Non solo, diversi studi hanno anche dimostrato (lo abbiamo raccontato in questo approfondimento) che alterando la composizione della flora batterica intestinale è possibile migliorare l'efficacia delle cure oncologiche che sfruttano l'immunoterapia.

IL MICROBIOTA DEL CANCRO

Ogni distretto corporeo è colonizzato da popolazioni specifiche di microrganismi. Recentemente si è scoperto che anche i tumori possiedono un proprio microbiota. Questi batteri non sono solo presenti sulla superficie delle cellule cancerose ma possono anche infiltrarsi nella massa tumorale. La composizione dei batteri nei tumori può variare notevolmente tra i diversi tipi di cancro e tra pazienti. Alcuni studi hanno infatti identificato specifici batteri associati a determinati tumori. Ed è proprio partendo da questa evidenza che si è incominciata ad ipotizzare la possibilità di individuare i primi segni di malattia andando ad intercettare la presenza di questi determinati microrganismi. Proprio su questa idea è nata Micronoma, azienda biotech che si prefigge di sviluppare test di diagnosi precoce sulla base della "firma molecolare" dei batteri presenti.

LO STUDIO

Uno degli studi su cui poggiava l'idea è stato pubblicato nel 2020 dalla rivista Nature. L'analisi suggeriva infatti che i microrganismi non solo colonizzano i tumori ma che le loro "firme" potevano essere utilizzate per diagnosticare vari tipi di cancro con elevata precisione. Per farlo gli autori hanno analizzato campioni di tessuti tumorali e non tumorali provenienti da pazienti con diversi tipi di malattia. In particolare sono stati sequenziati i genomi dei diversi microrganismi e, attraverso un particolare algoritmo, gli autori hanno provato a correlare le firme molecolari specifiche con i differenti tumori. 

GLI ERRORI DI METODO

Nel novembre 2023 però un team di ricercatori, guidato da Steven Salzberg della Johns Hopkins University, ha pubblicato su mBIO (in realtà lo studio comparve già in pre-print poco dopo lo studio pubblicato su Nature) una critica dettagliata dell'articolo originale. Gli autori innanzitutto hanno dimostrato che l'analisi originale non aveva correttamente separato il DNA umano dal DNA non umano, portando a risultati confusi. Inoltre il nuovo studio ha evidenziato che molti dei genomi microbici utilizzati nello studio erano incompleti e di bassa qualità, caratteristica che ha generanto risultati fuorvianti. Infine l'analisi ha dimostrato che l'uso di algoritmi errati ha portato a false correlazioni tra tipi di cancro e firme microbiche. 

PROSPETTIVE FUTURE

Queste critiche hanno portato recentemente la rivista Nature a "ritrattare" lo studio. Ciò significa che l'editore ha ufficialmente ritirato il lavoro dalla letteratura scientifica pubblicata, un processo che viene intrapreso quando si scopre che il contenuto dello studio è gravemente inaffidabile o non valido. Quando accaduto non rappresenta però la "pietra tombale" sull'idea di diagnosticare la malattia grazie alla presenza dei mircorganismi. La validità dell'idea resta ma la sua applicazione, ad oggi, è ad un punto morto. Solo lo sviluppo di nuove tecnologie e metodi di valutazione potrà sbloccare la situazione.